已经做过很多基因的查询，序列下载，聚类分析，还有比对等，但是觉得速度还是很慢，我把自己的整过过程简单描述一下，请版主和其他战友给我点好的建议。 1.序列查找和下载。NCBI genbank输入基因名称、片段等关键字search，然后一个一个ID号打开，复制序列保存到txt.格式中，保存。倘若有上百个序列，那就很麻烦，需要更多时间，这一步能否在线批量完成，我刚刚看到了教程：在NCBI批量（Blast：http://yunbio.com/49），或者 有更好的办法？ 2.DNAMAN或DNASTAR进行序列aligment。根据不同的颜色区别挑选高度保守区，或者选择变异区。因为常用上述两个软件，不知还有什么更先进的软件，或者能否在NCB...

在NCBI获得的FASTA格式的序列，如果要保存到本地的txt.格式的文件中，是不是还需要自己手动一个一个的复制粘贴到文件中保存，有没有批量下载保存到txt.的方法？

最近一直在做SSR方面的实验，一直在纠结一个问题——SSR到底应该有几条带？通过多方查证，我大致这样理解。 SSR出现多态性主要是因为基序（Motif）的重复次数不一样，而不同个体之间会存在突变，从而导致多态性的发生。但是，应该强调的一点是，SSR跑出来的带应该只是会表示一个等位基因位点。具体原因如下： SSR侧翼序列都是保守性很强的单一序列，所以才能设计单一的特异引物扩增条带，故一般不会扩增出其它等位位点的条带。所谓的多态性，只是一个等位位点的突变。 所以在PCR时，最好摸索清楚最佳的工作条件，得到尽量清楚的条带。比如水稻的基因组很小，SSR扩增出来很可能就是一条带，为了不给以后的读带工作带来更多麻烦，还是需要在前面的工作中多花些...

如题

博主你好！求助一个问题，我要做一个进化树，选择的序列有的是完全的有的是不完全的，不完整的大概是80%以上保留，而且我又不想扔掉这些不完整序列，我应该怎么办呢？是不是最好找到这些完整序列和不完整序列当中的那些相对应得片段进行比对。谢谢你！...

      大家好，我是计算机系的研究生，我是做云计算的，我准备研究序列相似性算法，并把他改为适合云平台下运行的算法，小弟刚看了几天生物信息学，想请问各位大哥哪里可以下到比较全面的序列相似性比较的论文，书，还有有什么好的网站推荐一下，不慎感激！...

了解过如何向NCBI上传序列，但是目前测到的很多一部分是杂合序列，不知道在序列上传中如何区别杂合位点，翻看了Genbank中的杂合序列，在序列中未见标示，而是在序列上方的说明信息中指出的。请了解的朋友指点下，谢谢！ 希望能具体指点如何操作，柳前辈的上传文章都看过，只是不知道杂合序列上传如何区别杂合点。...

已知几个功能基因，要怎么从它的近缘物种中找到相似基因

我在运行SOAPdenovo进行序列拼接的时候出现了一个问题：双端的solexa文件（36bp，每个文件100000条），运行程序，在contig文件中出现了小于36bp长度的序列（18bp-35bp）。我想问下这是什么原因导致的？

he miRBase http://microrna.sanger.ac.uk/ TargetScan http://www.targetscan.org/ PicTar http://pictar.bio.nyu.edu/ 如何在targetscan等数据库查hsa-mir-21基因的结合位点与那些疾病 的基因重叠啊，或相关。我在这几个数据库也没找到啊 ，请各位战友 [...]

在查看进化树文件时，发现在计算距离是出现0或者是负值，个表示什么意思呢？进化树是用clustalw程序做的！谢谢

我想分析在一组基因启动子中某一碱基组合出现次数是否是显著的，我又找了11组随机启动子背景序列和它对比，见图，请教怎么做统计学的显著性分析来找出哪个碱基组合在启动子中可以当做MOTIF?注：每组启动子都是160个，每组一共24万碱基，图中的数字表示在对应的一组启动子中出现该碱基组合的启动子个数...