Recent Questions
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请问如何把同源基因ROMOVE 掉?...
RT , THANK U ALL IN ADVANCE! 请问如何把同源基因ROMOVE 掉,找出NOVEL GENES...比如,运行了inparanoid.pl [...]
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基因在染色体上的物理位置
各位好!我想请教下从哪里怎么获得某些基因(比如一组refseq gene)在染色体上的具体物理位置信息呢(比如从xx bps 开始,到xxbps结束)? NCBI有没有工具可以直接根据这些基因的位置生成染色体图呢?十分感谢!
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请问,这应怎么办?thank u in advance.
$ perl inparanoid.pl ./human319.fas ./worm114.fas 31921 sequences in file human319.fas [...]
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请问,将基因家族定位到染色体共线块,是不是要用到基因预测的软件或相关其他?
RT,THANKS IN ADVANCE !
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关于SSR引物设计的问题-请求援助
我想利用一些感兴趣的序列设计SSR引物,可难题是不会使用perl,所以柳城的那个方法更是看不懂了,那些软件的网站俺去看了,也都是程序语言,具体怎么用啊?望高手指点。 谢谢
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实现两个EST组之间的互相对比
柳同学好 我想问下 有两个EST组的序列 (例如人的EST和狗的EST序列) 有没有什么方法实现这两个组之间的相互序列比对?
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如何根据一个拟南芥的基因序列查找其侧翼序列?
我想根据我的目标基因序列,查找其上游的启动子序列,请问该去哪里如何操作?
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如何利用用perl编程取得100000个不相同的随机数?
rt 纠结很久了.....
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微卫星多态性分析
请教: 我的问题:我是想利用SSR的多态性来做株系鉴定,或者说是做进化分析 1.SSR跑电泳后理论上到底应该几条带?我设计的引物跑出来的条带几条的都有,乱七八糟,我都晕了 2.听他们说做PAGE和银染国外的很多期刊都不认可,那么现今有什么更好的办法可以做SSR的多态性分析?大家一般都采用什么软件?根据我的做株系鉴定的目的,我该着重分析哪些参数? 工作了以后什么都是新的,以前没接触过,拜托了!!...
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利用EST序列找相关功能的基因全序列
我不是学信息学的,可能问题不够专业。 我做的是玉米抗旱方面的,现在手头有很多抗旱的EST,我在NCBI上做了很多片段的BLAST,有些基因功能没有验证,有些就不能找到匹配的基因序列...,能够找到很多各种类型的基因。我怎么才能找到比较相关抗旱基因序列,用来扩增转基因?...
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关于建立细菌的本地数据库
您好,我想建立一个链球菌的本地数据库,但是单个下载的话数据量太大,而update_blastdb.pl 的show功能又无法进入bacteria的目录,不知道有没有什么好的办法。 初学乍道,请帮忙,谢谢!
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scan for matches软件:序列里的模式匹配
scan_for_matches Scan Nucleotide or Protein Sequences for Matching Patterns 不知有没理解错,这软件应该是通过正则来匹配核酸或蛋白序列的。 [...]
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如何让SOAPdenovo Kmers 大于31?
如题, SOAPdenovo文章上说的是k值最大可以到63,而软件默认值最大只是31,请问如何才能大于31啊?
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blast结果求交集
现在手上有10个blastn -m 9的结果,想要把所有能比对上的query ID和subject ID提取出来以后求这10个结果的交集,但是不会写代码干着急,求助帮忙~ 我要的是各自query ID和subject ID,然后求这十组数据的交集 blast -m [...]
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关于拼接软件ABySS的使用
关于abyss,在单端拼接时一切正常。但是在pair-end拼接时,使用/bin目录下abyss-pe命令,会报出错误【make: ABYSS: Command not found make: * [/data00/home/ccwei/data/LimingXuan/simLC/300W/pair/abyss/300-1.fa] Error 127】。想问下这是由于什么原因造成的?谢谢