RT , THANK U ALL IN ADVANCE! 请问如何把同源基因ROMOVE 掉，找出NOVEL GENES...比如，运行了inparanoid.pl [...]

各位好！我想请教下从哪里怎么获得某些基因（比如一组refseq gene）在染色体上的具体物理位置信息呢（比如从xx bps 开始，到xxbps结束）？ NCBI有没有工具可以直接根据这些基因的位置生成染色体图呢？十分感谢！

$ perl inparanoid.pl ./human319.fas ./worm114.fas 31921 sequences in file human319.fas [...]

RT,THANKS IN ADVANCE !

我想利用一些感兴趣的序列设计SSR引物，可难题是不会使用perl，所以柳城的那个方法更是看不懂了，那些软件的网站俺去看了，也都是程序语言，具体怎么用啊？望高手指点。 谢谢

柳同学好 我想问下 有两个EST组的序列 （例如人的EST和狗的EST序列） 有没有什么方法实现这两个组之间的相互序列比对？

我想根据我的目标基因序列，查找其上游的启动子序列，请问该去哪里如何操作？

rt 纠结很久了.....

请教: 我的问题:我是想利用SSR的多态性来做株系鉴定,或者说是做进化分析 1.SSR跑电泳后理论上到底应该几条带?我设计的引物跑出来的条带几条的都有,乱七八糟,我都晕了 2.听他们说做PAGE和银染国外的很多期刊都不认可,那么现今有什么更好的办法可以做SSR的多态性分析?大家一般都采用什么软件?根据我的做株系鉴定的目的,我该着重分析哪些参数? 工作了以后什么都是新的,以前没接触过,拜托了!!...

  我不是学信息学的，可能问题不够专业。    我做的是玉米抗旱方面的，现在手头有很多抗旱的EST，我在NCBI上做了很多片段的BLAST，有些基因功能没有验证，有些就不能找到匹配的基因序列...，能够找到很多各种类型的基因。我怎么才能找到比较相关抗旱基因序列，用来扩增转基因？...

您好，我想建立一个链球菌的本地数据库，但是单个下载的话数据量太大，而update_blastdb.pl 的show功能又无法进入bacteria的目录，不知道有没有什么好的办法。 初学乍道，请帮忙，谢谢！

scan_for_matches Scan Nucleotide or Protein Sequences for Matching Patterns 不知有没理解错，这软件应该是通过正则来匹配核酸或蛋白序列的。 [...]

如题, SOAPdenovo文章上说的是k值最大可以到63，而软件默认值最大只是31，请问如何才能大于31啊？

现在手上有10个blastn －m 9的结果，想要把所有能比对上的query ID和subject ID提取出来以后求这10个结果的交集，但是不会写代码干着急，求助帮忙～ 我要的是各自query ID和subject ID，然后求这十组数据的交集 blast －m [...]

关于abyss，在单端拼接时一切正常。但是在pair-end拼接时，使用/bin目录下abyss-pe命令，会报出错误【make: ABYSS: Command not found make: * [/data00/home/ccwei/data/LimingXuan/simLC/300W/pair/abyss/300-1.fa] Error 127】。想问下这是由于什么原因造成的？谢谢