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做微生物的GO和基因预测的软件有哪些？

Action — Wed, 16 May 2012 15:19:33 +0000

做微生物的GO和基因预测的软件有哪些？哪个比较好？

提问如何在纤毛虫的基因组中找到特定基因？

chijingyun — Mon, 14 May 2012 09:04:20 +0000

刚接触这块不久老板要我在4种已公布的纤毛虫基因组中用生物信息学方法找一些特定的基因因为纤毛虫的基因组有基因组重复（genome duplication）所以理论上的找到的特定基因应该不止一个但是用HMM和Blast对基因组的氨基酸序列进行搜索后只能发现一个甚至没有发现想要的特定基因想问下如果在基因组中寻找特定基因的话是不是用aa 序列不够全面应该在scarffold中找呢具体应该用什么样的方法呢谢谢啦~~~

四种已知基因组
1 Paramecium tetraurelia (Aury et al. 2006)（http://paramecium.cgm.cnrs-gif.fr/）,
2 Tetrahymena (Eisen et al. 2006)（http://ciliate.org/index.php/home/downloads）,
3 Oxytricha (Doak et al. 2003)（http://genome.wustl.edu/genomes/view/oxytricha_trifallax）.
4 Ichthyophthirius multifiliis（http://www.jcvi.org/cms/research/projects/ich）

perl程序，向各位求助！

123love — Mon, 14 May 2012 05:50:36 +0000

这是三条长度为10的碱基序列：

CACTAGCATC
ACATGTACGT
CACACTGTAG

问题是这样的：

让三条序列两两比较，求任两条序列间的距离，距离是这样来定义的：由于每条序列长度都是一样的，比较相同位置的碱基（就是一条序列的第一个碱基与另外一条序列的第一个碱基做比较，第二个与第二个做比较，以此类推），碱基不同就加1，相同就加0；最后得到的数值我们就认为是两条序列的距离；我现在就是不知道怎么样才能让任两条序列都作比较，想了几天也没想出来，只有向各位请教了，谢谢·~··

遇到一个关于perl程序的问题，向各位请教！

123love — Mon, 14 May 2012 05:32:52 +0000

现在这里有一首英文诗：

Never give up
Never lose hope
Always have faith
It allows you to cope
Trying times will pass
As they always do
Just have patience
Your dreams will come true
So put on a smile
You will live through your pain
Know it will pass
And strength you will gain

现在我想要求解每个单词的坐标，并以这样的格式输出来：

Never 2 （1 1）（2 1）

give ……

up……

其中Never代表单词，2代表在这首诗歌里总共出现多少次，后面(1 1) 和（2 1）都是代表坐标，分别指的是第一行第一个单词和第二行第一个单词，应该是说明白了！谢谢~~~嘻嘻~~

TGICL使用遇到问题了

pingshui — Sat, 12 May 2012 02:34:35 +0000

实验室服务器上，管理员安装了TGICL-2.1，但是我调用

（例如指令为：tgicl -F file1.fasta -p 0.98 -l 40 -v 1 -c 8）

总是报错：Use of :locked is deprecated at /opt/lib/perl5/TGI/DBDrv.pm line 36.

我在自己账户下安装时，只是简单的解压缩了一下,输入指令时也报同样的错误。

请问有谁知道应该怎么解决吗？

谢谢

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perl程序，向各位求助！

遇到一个关于perl程序的问题，向各位请教！

TGICL使用遇到问题了

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