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教程:在NCBI批量Blast
先要多谢一下 Sophie 与 rebeccajiejie 的热心,让 云生物 看起来着实有些了活力。也希望更加的人参与进来回答问题。得开始认真宣传一下才行啊。 最近Sophie问了我关于批量Blast的问题。我尝试了一下NCBI的批量Blast,感觉非常不错。 写个教程分享一下。拿水稻的序列Blast做个例子。 Batch entrez [...]...
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关于画图的问题
这种图是用啥软件画的啊?
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继续发个图的问题
如图。这个是什么软件做的。貌似很流行的样子啊
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使用perl批量处理文件?
终于可以发帖了!。。。。 我想用perl批量处理一批序列文件,就是每个序列单独一个文件,大概一百多个文件,想写个程序,把所有文件批量打开,做处理,然后再关上,改原文件或者生成个新文件都可以。 但现在不知道怎么能一次打开很多文件,文件句柄可以是变量么?...
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求助,如何在targetscan数据库查hsa-mir-21基因的结合位点与那些疾病的基因重叠啊,或相关。
he miRBase http://microrna.sanger.ac.uk/ TargetScan http://www.targetscan.org/ PicTar http://pictar.bio.nyu.edu/ 如何在targetscan等数据库查hsa-mir-21基因的结合位点与那些疾病 的基因重叠啊,或相关。我在这几个数据库也没找到啊 ,请各位战友 [...]
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推荐:单核苷酸基因多态性(SNP)的研究
不定期的推荐资源。推荐牛人的博客。正所谓术业有专攻啊。欢迎大家有好的资源也一起推荐。 ============ 原标题:单核苷酸基因多态性(SNP)研究中的选点方法 原文链接:http://www.ifanqie.org/archives/324.html 博客作者:番茄芝 博客url:http://www.ifanqie.org/ ============ 单核苷酸基因多态性(SNP) 最近也开始接触这方面的东西,一切都在慢慢的学习,从选点开始,到酶切,tagman分型,到SPASS,SAS统计都是一个个的过程,为了学习+复习,分享一下学习到的选点的方法,进宫参考,高手勿笑。 1. [...]...
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kegg的用法?
柳同学,讲下kegg的用法吧
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如何大批量blast?
如何在windows7系统下进行大批量的blast。最好不要是linux系统的。之前曾经捯饬过这个系统,但是终究还是没有结果。 Ps,关于之前提到的“RM1~600是水稻的EST序列”,经过验证,我发现这句话不算正确,因为我在EST序列里面根本找不到序列,弹出来的只是GSS的相关信息。 我会再向提供信息的老师确认,并尽快将我认为正确的信息告诉大家。希望博主先把我之前的那条回复先删除了,免得引起别人的误会。文章题目是:武汉的温度持续上升到29度。 有劳博主。...
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如何将fasta序列批量保存在本地txt.格式文件中
在NCBI获得的FASTA格式的序列,如果要保存到本地的txt.格式的文件中,是不是还需要自己手动一个一个的复制粘贴到文件中保存,有没有批量下载保存到txt.的方法?
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如何批量设计SSR引物
您好!看了您的用misa和primer3结合使用批量设计SSR引物的帖子,从ncbi下了一个物种的EST序列进行SSR搜寻,misa分析完了以后,具体如何用primer3对misa的结果进行SSR引物的批量设计不会了,盼您能指点迷津!谢谢。
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ncbi 的orf finder
dna序列能直接去orf finder么? 我觉得这个问题好弱啊,但是我真的迷糊了。虽然有内含子序列,但是orf是基于起始密码和终止密码来的吧,那用dna得到的orf的部分应该和cdna去检测的结果差不多吧?
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NCBI的GeneID跟GO_term的一一对应
GO便是Gene Ontology。 前言请看:如何在NCBI实现大批量数据的一一对应 corelboy 的问题 帮他AD一下先:欢迎访问我的网站 http://www.bu-pathology.com ,我主要是做病理和医学图像分析的 想请教一下,这些大批量的数据在Linux下如何对应的具体操作步骤。比如我有一个list的geneID 我想跟GO [...]...
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MEGA处理Clustalw比对结果
用MEGA处理Clustalw的比对结果,完成格式转换后,导入MEGA生成有bootstrap值的进化树,发生错误,提示NO COMMON SITES FOR COMPUTING DISTENCES,看帮助文件也没看懂,请问这种情况怎么处理?或者说用clustalw处理的aln文件怎么生成有bootstrap值的进化树?
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进化树dnd文件
在查看进化树文件时,发现在计算距离是出现0或者是负值,个表示什么意思呢?进化树是用clustalw程序做的!谢谢
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[公告]云生物:快速问答系统强势推出
云生物(http://yunbio.com/),是有关生物学,特别是生物信息学相关的一个快速问答系统。此系统的推出是要聚合大家的智慧,一起来解决大家的难题。正所谓集思广益,三人行必有我师。