已经做过很多基因的查询，序列下载，聚类分析，还有比对等，但是觉得速度还是很慢，我把自己的整过过程简单描述一下，请版主和其他战友给我点好的建议。 1.序列查找和下载。NCBI genbank输入基因名称、片段等关键字search，然后一个一个ID号打开，复制序列保存到txt.格式中，保存。倘若有上百个序列，那就很麻烦，需要更多时间，这一步能否在线批量完成，我刚刚看到了教程：在NCBI批量（Blast：http://yunbio.com/49），或者 有更好的办法？ 2.DNAMAN或DNASTAR进行序列aligment。根据不同的颜色区别挑选高度保守区，或者选择变异区。因为常用上述两个软件，不知还有什么更先进的软件，或者能否在NCB...

本人现在需要使用mapmaker，但是该软件要求使用非windows的其他系统，比如linux。但是我现在装的是windows系统。希望哪位高人指点一下如何在线使用linux，不甚感激！ Ps，我对linux系统完全没有任何概念，所以请各位答题时，详细一点，呵呵。非常非常感谢。...

大家好！ 谁知道向NCBI提交序列，DNA相似度多少的只需要提交其中一条就可以了？相似度以97%为标准吗？ 谢谢！

继续分享资源。我没用过这软件。所以只是简单介绍一下。有用过的朋友可以详细讲讲用法。 CD-HIT 简介：CD-HIT stands for Cluster Database at High Identity [...]

了解过如何向NCBI上传序列，但是目前测到的很多一部分是杂合序列，不知道在序列上传中如何区别杂合位点，翻看了Genbank中的杂合序列，在序列中未见标示，而是在序列上方的说明信息中指出的。请了解的朋友指点下，谢谢！ 希望能具体指点如何操作，柳前辈的上传文章都看过，只是不知道杂合序列上传如何区别杂合点。...

MEGA做进化树只显示GI号，怎么样设置或者修改进化树文件时显示信息为序列详细注释信息?

之前曾经问过Liucheng有关如何将序列定位在染色体上的问题，得到回复之后，觉得应该将他提到的那个疑问贴出来一下，就算也让大家也知道一下NCBI确实是提过这个建议的，尽管我搞了半天愣是没有看懂。呵呵。欢迎大家鉴赏一下啊。也请大家帮忙解决以下我这个问题——如何将序列定位在染色体。不甚感激！ 以下是这个建议的website。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/genefaq.html 其中重要的部分我截过来。 Ps,注册这个网站之后，我咋觉得，我们都将是未来的网站元老呢，呵呵，鉴于这个自私的想法，所以就立马添了一篇文章。呵呵……...

比如说，我有一批基因，我想知道其中那些基因已经有表达数据了，geo里面能找吗？我看了下，貌似不能根据序列来查询。柳同学讲下geo的用法吧

RT

我最近在做生物信息学web系统。可实现序列联配，ORF查找，序列翻译，多序列对比，进化发育树构建，引物设计等功能。前面三个功能可实现。我使用的是PHP，现在想要调用clustalW和phylip。查遍网上资料，没有找到相关调用命令。特此来这个宝地请教下大侠！...