在分析基因表达谱数据的时候，因为是二代测序得到的结果，想计算p-value，要用到edgeR。由于是初次使用，看英文说明不是很理解。第一步说读取数据，建立一个DGEList，可是按照他的例子我得不到结果。 想请教用过此软件的朋友，讲述一下大概的步骤，最好给出一个简单的格式。...

我研究的物种基因组未知。EST数据库存在大量冗余，请问怎么把从NCBI上下载的EST去冗余？请高手帮忙！！

大家好！我是MISA的新手，有一个转录组测序的库，想通过MISA开发一些SSR引物。已经通过MISA得到大量SSR，但是通过p3_in.pl转换的时候老是提示错误，如： $ perl p3_in.pl a.fa.misa Quantifier follows nothing in regex; [...]

您好，我想建立一个链球菌的本地数据库，但是单个下载的话数据量太大，而update_blastdb.pl 的show功能又无法进入bacteria的目录，不知道有没有什么好的办法。 初学乍道，请帮忙，谢谢！

盼望高人相助！

yunbio.com是用wordpress系统搭建的。支持全球通用的Gravatar头像。下面的教程从网上搜索来的。 首先我还是简单介绍一下Gravatar头像吧： 其实，我们把那种个性头像叫Gravatar，现在大部分网站博客都支持这种头像。是一种全球通用头像。Gravatar的概念首先是在国外的独立WordPress博客中兴起的，当你到任何一个支持Gravatar的网站留言时，这个网站都就会根据你所提供的Email地址为你显示出匹配的头像。 最开始也是依附于WordPress，但现在，已经不仅仅局限于为WordPress提供服务了，已经被广泛的应用在各种web 2.0的服务中，比如最新的就是gmail和QQ邮箱都支持Gratav...

我的blastout结果 Os.11595.1.S2_at.seq#68 Os.11595.1.S2_at.seq 100.00 21 0 0 1 21 68 [...]

博主你好！小弟不是第一次来这取经了，这次又遇上麻烦了，希望博主能赐教： 1.做blast的时候，小弟遇到了一个有“Matrix”的选项，里面有： PAM 30 PAM 70 BLOSUM 80 BLOSUM 62 [...]

我有一批序列要和nt数据库进行比对，现在下载了nt数据库，共9个文件：nt.00.tar.gz－nt.08.tar.gz，请问这些数据库下载后该怎样处理才能当作本地blast的数据库？

如何批量定点提取序列，即CDS-Genome作BLAST比对之后，要提取ATG上游2000bp的序列！ 如： 正链/正链（plus/plus） >subject1 Query 1 ATCG Subject 5186 tagc [...]

在GO数据库中查找模块功能，如果下面先了goa_ecoli或goa_human， 网址http://go.princeton.edu/cgi-bin/GOTermFinder 那么上面输入基因的格式应该是什么样的呢，我试了好几个数据库里的格式，都不对啊。

请教怎么在NCBI上画物种进化树~急~  谢谢啦~~

源数据：   说明：1  >开头的为注释行，包含序列ID等信息 2  注释行下面两行是含有SNP的两个序列，末尾的数字是测序深度 3  *指示SNP的位置 目的：筛选测序深度均大于15，SNP为1的成组序列。输出格式为序列ID+序列信息。 Perl脚本： [...]

各位帮帮啊，有什么好办法。谢谢了啊。

我在ensembl 里寻找rRNA 但却找不到想要的rRNA,是没有这类rRNA 还是没被预测啊？