请教各位，利用DNAMAN做出来的序列同源树和系统进化树的聚类应该是一样的么？同源树里分为一枝的同源性最高的为什么在进化树里相差很远？

如何判断两个蛋白质的同源性啊，我在两个物种的蛋白质网络中找到一对蛋白质相似度很高，现在想查找这两个蛋白质是不是同源的，或者它们同源性有多大，该去哪里找呢。

博主好！ 我有５００个蛋白序列想比较他们和小鼠，大鼠的同源性。 是不是就是把这５００个序列放到一个文件里面。序列之间如何分割，出来的结果的排序是什么样的？ 另外比较的参数如何设置。