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从一条染色体中取特定的序列
chr1 atctaaaggggccccccccc……..(文件大小是160M) 现在想取其中一段序列,比如123456bp-12345678bp的序列 由于是一般的电脑,只有2G内存,因此bioperl的模块用不了,内存存不了那么大的序列,这种情况下怎么才能把序列取出来呢? 谢谢大家帮帮忙!...
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如何将fasta序列批量保存在本地txt.格式文件中
在NCBI获得的FASTA格式的序列,如果要保存到本地的txt.格式的文件中,是不是还需要自己手动一个一个的复制粘贴到文件中保存,有没有批量下载保存到txt.的方法?
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不同物种转录子序列查找
我想查找葡萄中的SBP转录家族的序列信息,不知道怎么找,能教教我么。 我看了些文章,但是都不详细,我试过两个方法,就是不知道对不对,接下去怎么处理。 一个是,拿拟南芥转录家族的所有基因对葡萄EST数据库进行比对,然后将结果进行拼接,但这样,还是得到很多序列 二是,那SBP domain 氨基酸序列对葡萄EST数据库进行比对,结果再进行拼接,这样得出的序列较少,但是这些序列的CDS序列以及氨基酸序列我不知道该怎么查找出来了,而且要和拟南芥做聚类分析以及氨基酸比较分析,我不知道这些序列对应拟南芥哪些序列进行分析? 在线等求教。。。。。...