我现在只知道拟南芥的探针名称， 例： 246994_at 265983_at 252161_at 254338_s_at 256975_at 260621_at 265881_at 256398_at [...]

在得到序列比对结果后会有一些符合要求的序列，知道了accession或者GI号的话，怎么从原始序列大文件中提取出这些序列呢？谁能帮帮我阿

我做的是系统发育方面的实验，利用比对后的碱基序列建立系统树，请问一下，编码蛋白的基因序列翻译成氨基酸序列时出现了终止密码子，这些碱基序列还能继续进行系统发育分析并建树吗？如果不行，该怎么做啊？终止密码子可以除去吗？谢谢帮忙！...

我现在有大量的拟南芥的cDNA的accession，怎样获取其对应的基因组序列，我原来是一个一个的下的， 一个月才下了一千个。

手头现有1个DNA文件（fasta格式），序列比较长，可能有100kb，现想从中提取特定位置的序列，比如500-2000bp之间的序列，请问如何用perl程序操作？本人的电脑是windows系统，所以恳求大虾们给予指点。谢谢！

我想根据我的目标基因序列，查找其上游的启动子序列，请问该去哪里如何操作？

chr1 atctaaaggggccccccccc........（文件大小是160M） 现在想取其中一段序列，比如123456bp-12345678bp的序列 由于是一般的电脑，只有2G内存，因此bioperl的模块用不了，内存存不了那么大的序列，这种情况下怎么才能把序列取出来呢？ 谢谢大家帮帮忙！

在NCBI获得的FASTA格式的序列，如果要保存到本地的txt.格式的文件中，是不是还需要自己手动一个一个的复制粘贴到文件中保存，有没有批量下载保存到txt.的方法？

我想查找葡萄中的SBP转录家族的序列信息，不知道怎么找，能教教我么。 我看了些文章，但是都不详细，我试过两个方法，就是不知道对不对，接下去怎么处理。 一个是，拿拟南芥转录家族的所有基因对葡萄EST数据库进行比对，然后将结果进行拼接，但这样，还是得到很多序列 二是，那SBP domain 氨基酸序列对葡萄EST数据库进行比对，结果再进行拼接，这样得出的序列较少，但是这些序列的CDS序列以及氨基酸序列我不知道该怎么查找出来了，而且要和拟南芥做聚类分析以及氨基酸比较分析，我不知道这些序列对应拟南芥哪些序列进行分析？ 在线等求教。。。。。...