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如何快速进行目的基因的aligment

已经做过很多基因的查询,序列下载,聚类分析,还有比对等,但是觉得速度还是很慢,我把自己的整过过程简单描述一下,请版主和其他战友给我点好的建议。 1.序列查找和下载。NCBI genbank输入基因名称、片段等关键字search,然后一个一个ID号打开,复制序列保存到txt.格式中,保存。倘若有上百个序列,那就很麻烦,需要更多时间,这一步能否在线批量完成,我刚刚看到了教程:在NCBI批量(Blast:http://yunbio.com/49),或者 有更好的办法? 2.DNAMAN或DNASTAR进行序列aligment。根据不同的颜色区别挑选高度保守区,或者选择变异区。因为常用上述两个软件,不知还有什么更先进的软件,或者能否在NCB...