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ncRNA定位
现在手头上有测序文件,想与ncRNA Database-Rfam进行本地blast比对,从而得到ncRNA定位信息,以及定位成功的ncRNA类别(rRNA tRNA snRNA snoRNA...) 直接与Rfam.fasta进行比对,得到的结果可能不只包含人类的ncRNA,还包括有其他很多其他物种的。 Rfam官网上有“Taxonomy search results”,输入“homo sapiens”,可以得到590个记录,但是这些记录都是以Rfam_family为单位的 [...]...
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新手请教,clustal 序列比对
clustal 序列比对后,是否可以显示二级结构或者可以编辑活性位点等?写文章的时候需要用到的!谢谢大家,请不吝赐教
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如何利用perl和blast从多个序列中寻找到一条大概21至24bp左右的公共序列?
现手上有多个测序结果(fasta格式),平均每个2k bps。我想要在这么多个序列找到一条它们共有的序列,大概21到24bp左右。我需要用perl编写一个程序,然后重复调用本地blast(已经配置好了本地blast)。
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CD-HIT:批量去冗除和相似序列
继续分享资源。我没用过这软件。所以只是简单介绍一下。有用过的朋友可以详细讲讲用法。 CD-HIT 简介:CD-HIT stands for Cluster Database at High Identity [...]