云生物 » 序列 http://yunbio.com 生物信息学(Bioinformatics)的快速问答系统 Thu, 17 May 2012 02:15:39 +0000 en hourly 1 http://wordpress.org/?v=3.3.1 序列递交问题 http://yunbio.com/2048 http://yunbio.com/2048#comments Wed, 18 Apr 2012 01:59:20 +0000 903513241 http://yunbio.com/2048 大家好。最近递交了一些序列，主要是测序发现了一些新突变。我递交的时候序列是野生的，然后将突变标在Varation上，就这样也公布了。但是有个同事递交的的时候，NCBI工作人员要求序列是突变后的，野生型的位置标为replace="#".

经我查证有不少序列都是递交野生型的，然后突变标在注释里的。现在真的比较混乱了，几个同事中只有一个让递交的序列为突变后的。NCBI处理数据的流程不应该比较固定的吗？当然，从Blast的角度，递交的序列是突变的可能比较好。敬请各位大侠赐教。


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]]> http://yunbio.com/2048/feed 0 拟南芥基因上游序列下载 http://yunbio.com/1240 http://yunbio.com/1240#comments Wed, 15 Jun 2011 08:18:19 +0000 xingzhou823 http://yunbio.com/?p=1240 我现在只知道拟南芥的探针名称，
例：
246994_at
265983_at
252161_at
254338_s_at
256975_at
260621_at
265881_at
256398_at
249587_at
247451_at
264175_at
249150_at
249431_at
263757_at
262606_at
257400_s_at
265387_at
259744_at
怎么才能下载到其基因上游（比如upstream1000bp）序列？
我想把他们的基因序列下载并保存为 fasta格式


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]]> http://yunbio.com/1240/feed 3 批量提取序列 http://yunbio.com/1034 http://yunbio.com/1034#comments Tue, 19 Apr 2011 09:27:53 +0000 skycc1986 http://yunbio.com/1034 在得到序列比对结果后会有一些符合要求的序列，知道了accession或者GI号的话，怎么从原始序列大文件中提取出这些序列呢？谁能帮帮我阿


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]]> http://yunbio.com/1034/feed 10 求助有关终止密码子的问题？急用 http://yunbio.com/985 http://yunbio.com/985#comments Tue, 05 Apr 2011 12:16:17 +0000 yanzi http://yunbio.com/?p=985 我做的是系统发育方面的实验，利用比对后的碱基序列建立系统树，请问一下，编码蛋白的基因序列翻译成氨基酸序列时出现了终止密码子，这些碱基序列还能继续进行系统发育分析并建树吗？如果不行，该怎么做啊？终止密码子可以除去吗？谢谢帮忙！


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]]> http://yunbio.com/985/feed 0 怎样批量的从cDNA的accession获取其对应的基因组序列 http://yunbio.com/756 http://yunbio.com/756#comments Wed, 22 Dec 2010 03:20:13 +0000 yuyin110 http://yunbio.com/?p=756 我现在有大量的拟南芥的cDNA的accession，怎样获取其对应的基因组序列，我原来是一个一个的下的， 一个月才下了一千个。


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