云生物 » 染色体 http://yunbio.com 生物信息学(Bioinformatics)的快速问答系统 Thu, 17 May 2012 02:15:39 +0000 en hourly 1 http://wordpress.org/?v=3.3.1 求助：如何从众多数据中提取数据的坐标信息 http://yunbio.com/678 http://yunbio.com/678#comments Wed, 01 Dec 2010 14:08:51 +0000 motianfeng http://yunbio.com/?p=678 各位大虾，现在我有一个好几G的关于23条染色体上每个碱基位点测序深度的数据，但是有些位点的测序深度太离谱，明显超出了正常的范围，有些地方甚至过万。所以，想通过perl编程提取这些不正常的位点的位置（所在染色体以及在该染色体的位置），不知道有没有哪位可以给小弟指引一下啊？

数据的格式如下：

>chrX
0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 4 4 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 6 6 6 5 5 5 5
5 5 5 5 5 5 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 5 5 4 4 4 4 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 4 5 5 5 5 5 5 5 5 5 4 4 4 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2
2 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 5 4 4 4 4 4 4 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 4
...........

>chr1

9 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 7 7 7 7 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 7 7 7 7 6 6 6 6 6 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 6 6 6 6 6 7 7 7 7 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 5 5 5 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 5 5 5 5 5 6 6 6 6 6 6 6
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.....

如此一直下去。小弟在此先感谢各位啦！~~~


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]]> http://yunbio.com/678/feed 14 如何根据部分基因注释信息找到染色体上所有的基因的cds呢.... http://yunbio.com/573 http://yunbio.com/573#comments Fri, 06 Aug 2010 11:44:18 +0000 clownwyb http://yunbio.com/573 导师给了Y染色体4个基因的注释信息，但是题目却让我找到所有Y染色体上的基因的CDS，是不是我听错了，还是真的可以找到啊....


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]]> http://yunbio.com/573/feed 4 从一条染色体中取特定的序列 http://yunbio.com/569 http://yunbio.com/569#comments Tue, 20 Jul 2010 12:18:44 +0000 rebeccajiejie http://yunbio.com/569

chr1
atctaaaggggccccccccc........（文件大小是160M）

现在想取其中一段序列，比如123456bp-12345678bp的序列

由于是一般的电脑，只有2G内存，因此bioperl的模块用不了，内存存不了那么大的序列，这种情况下怎么才能把序列取出来呢？
谢谢大家帮帮忙！


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