云生物 » 聚类分析 http://yunbio.com 生物信息学(Bioinformatics)的快速问答系统 Tue, 07 Feb 2012 09:43:56 +0000 en hourly 1 http://wordpress.org/?v=3.2.1 如何快速进行目的基因的aligment http://yunbio.com/554 http://yunbio.com/554#comments Fri, 28 May 2010 04:03:03 +0000 biobefreind http://yunbio.com/554 已经做过很多基因的查询，序列下载，聚类分析，还有比对等，但是觉得速度还是很慢，我把自己的整过过程简单描述一下，请版主和其他战友给我点好的建议。
1.序列查找和下载。NCBI genbank输入基因名称、片段等关键字search，然后一个一个ID号打开，复制序列保存到txt.格式中，保存。倘若有上百个序列，那就很麻烦，需要更多时间，这一步能否在线批量完成，我刚刚看到了教程：在NCBI批量（Blast：http://yunbio.com/49），或者 有更好的办法？
2.DNAMAN或DNASTAR进行序列aligment。根据不同的颜色区别挑选高度保守区，或者选择变异区。因为常用上述两个软件，不知还有什么更先进的软件，或者能否在NCBI网站进行具有类似DNAMAN或DNASTAR功能的操作，或者还有什么好的办法。
3.BLAST。常常使用NCBI的BLAST在线比对，这个还需进一步学习。

上面第三步的使用比较固定，想在第一第二步提高速度——序列下载和aligment！

望版主和战友给出更好的路线：）

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