0
answers
30views
Limma 分析求教
我想用Limma 分析芯片数据，看了网上一些代码，发现有这么一句，请问这个Number=20000, 是什么意思？ comp2 <- topTable(fit2, coef=2, adjust="BH", number=20000) [...]
3
answers
79views
请教芯片数据分析
我的芯片是双色cDNA芯片。我用R中的limma完成了背景校正和芯片内及芯片间的归一化。这样得到一个MA的数据。我想用maanova包做方差分析寻找差异表达基因，但是maanova要求导入的数据为信号值，这样就不能直接用limma归一化的结果。我是这样想的。M和A和信号值有换算关系。 根据公式，列个方程，用归一化后的M和A值推出相应的Cy5和Cy3的信号值。再导入到maanova中分析。不知道这样的处理合不合理？...
