我用mega4构建的进化树好像有些问题。换了很多种model和方法得到的bootstrap值都有些特别小的值，有的分支甚至为0.按道理的话这样得到的树是不可信的。我看文献一般得到的树的bootstrap值都在90~100之间。我的问题究竟出在哪儿呢？该怎么改进？烦请赐教啊~ 我多重比对的序列大概有15条左右（也试过只建树其中的某几条序列），均属一个科的序列（主要为该科的三个不同的种），是用同一对引物扩增同一个编码区后获得的片段，长度均在300左右，彼此长度差异很小，多重比对和建树（NJ和ME MP 都试过）的参数为默认，bootstrap的replication值勾选的是1000和2000甚至5000都试过，不胜感激！...

如题

博主你好！求助一个问题，我要做一个进化树，选择的序列有的是完全的有的是不完全的，不完整的大概是80%以上保留，而且我又不想扔掉这些不完整序列，我应该怎么办呢？是不是最好找到这些完整序列和不完整序列当中的那些相对应得片段进行比对。谢谢你！...

在查看进化树文件时，发现在计算距离是出现0或者是负值，个表示什么意思呢？进化树是用clustalw程序做的！谢谢

我用Clustalw处理序列比对，结果aln和dnd分别用mega和treeview处理，看教程能够处理，但是我在导入数据却屡次发生错误！数据不能识别，dnd文件有时能被treeview识别，这是怎么回事？ 期待中。。。。。。  

MEGA做进化树只显示GI号，怎么样设置或者修改进化树文件时显示信息为序列详细注释信息?