在genome mapviewer 中选定特定的物种，然后blast，在blast界面database一栏，有Genome(referrence only),RefSeqRNA,EST,tRACEs-WGS，选不同的数据库数据会有什么差别？ 我用非编码序列query，选Genome能有结果，而选RefSeq则不能找到具有显著相似性的序列，这是为什么？...

为什么我在linux下运行 blast 时老是断掉，，数据也不大，database 约120mb，怎么办好啊？？求高手帮忙！！谢谢！！！

在下生物信息学底子比较薄，按照网上（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/staff/tao/URLAPI/pc_setup.html）说明，在Windows下安装了好一次Blast都没有成功。都是在最后测试阶段输入blastn -version命令可以显示版本信息，而blastdbcmd -db -refseq_rna -info 时会出现一些错误。 谁能帮一下忙，先谢谢了...

最近在做本地blast，在自己的核苷酸数据库中比对（query sequence library和subject sequence library是同一个）。设置的参数是-m9 –v5 –b5 –e 1e-5，其他为默认。但是结果中有部分出现异常。Query sequence能匹配到自己，但是匹配的alingment [...]

大家好，估计可能看这篇帖子的人会比较少，但是还是很高兴能借这个平台跟大家学习一些生物信息学的知识。 昨天上午，接到高中同学的消息，她快毕业了，但前一段时间一直在忙出国的事情，所以没怎么做实验。于是…她，要求我帮着做blast 应该是一件不太困难的事情，有一个数据库，有本地化的blast的程序（from NCBI）、再加上所需对比的序列，应该就是很容易可以实现的操作。但问题就出现了： 1、数据库怎么来？ 下载的是ftp://ftp.solgenomics.net/genomes/Solanum_pimpinellifolium/assemblies/A-1.0/pimp.fasta.gz的数据 这个看上去是一步完成，但这个压缩包有20...

我在blast页面输入了一段650左右长的杂草稻克隆后的ITS序列，但得到的结果中相似度高的很多都在1万以上bp,我该如何处理这些序列呢？还有我的目的是建个系统树，是只能选DNA序列还是也可以是RNA呢？谢谢！

用引物筛选序列发现是反向互补序列，用先变成正向的之后再blast吗？还是可以直接进行blast?

在本地构建blast，设置参数为m8，table格式转换到excel中。获得的是query sequence对应的gi numble，如何将其转换成locus呢，我想知道每个sequence的物种信息。。。。问过NCBI的blast的管理员，说可以用taxdb来做。在网上搜了一遍，也没有发现有类似的内容。不知道这里有没有同学知道吖？求助。。。...

请各位大侠推荐几个能直接把blast输出结果 按照位置信息，比对序列信息等通过可视化的手段表现出来，可以清晰明了的看见

我想在NCBI上下载某一个基因的全部序列，用来做本地blast的数据库，再跟自己的数据做比对。我试着用论坛里的方法，在NCBI中Search这个片段(植物的叶绿体片段)，但是找出来只有200多个。感觉这个结果有问题，平时自己在线blast时，一条序列都能比对出好几十条出来，何况还有那么多物种的呢！。。。我search的参数如下图，nucleotide,for plant cpDNA matK。请问，我的问题出在哪里吖？求帮助！  ...

我是一个blast新手，最近在做本地blast，结果出来后不是很明白，都说e值越小越好，但是一般到达什么程度就可以说明结果可信，也就是说 e值多大就可以说明结果有一定的价值，谢谢！

我按照教程 做蛋白质的blast，导出了fasta序列，可是blastp的时候 居然显示 Can't find the requested web page. 请问这个是怎么回事？

本人最近也在学本地BLAST，遇到些问题还望高人指教。之前看了一篇文献里面用到了本地BLAST，是提取了4个物种基因间序列然后进行BLASTN，参数设置为evalue 1e-5, wordsize 11nt, gapopen 2, gapextend 2, penalty -2, [...]

我有一批环境样品，是细菌和真菌的，有1000多条，想知道是些什么物种的，一个一个对NCBI里面比对的话，太耗时，且结果不好整理，我下载了NCBI里面的nt数据库，想本地BLAST，但是不知是不是数据库太大了（约15G），一直都没有动静，机器是普通双核电脑，没有显示结果…… 请教各位高手，是否能在NCBI上批量blast环境样品？谢谢...

我的blastout结果 Os.11595.1.S2_at.seq#68 Os.11595.1.S2_at.seq 100.00 21 0 0 1 21 68 [...]