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各位好，请教一个系统发育树构建的技术问题~急待解决
我用mega4构建的进化树好像有些问题。换了很多种model和方法得到的bootstrap值都有些特别小的值，有的分支甚至为0.按道理的话这样得到的树是不可信的。我看文献一般得到的树的bootstrap值都在90~100之间。我的问题究竟出在哪儿呢？该怎么改进？烦请赐教啊~ 我多重比对的序列大概有15条左右（也试过只建树其中的某几条序列），均属一个科的序列（主要为该科的三个不同的种），是用同一对引物扩增同一个编码区后获得的片段，长度均在300左右，彼此长度差异很小，多重比对和建树（NJ和ME MP 都试过）的参数为默认，bootstrap的replication值勾选的是1000和2000甚至5000都试过，不胜感激！...
