云生物 » miRNA

miRNA进化

jxphmzt — Sun, 09 Oct 2011 01:39:12 +0000

miRNA的conservation score是否能决定 lineage-specific miRNA families呀？

有点相关的问题

同源树和系统进化树 (0.625)
请问如何使用perl或者python实现计算 dn/ds (0.625)
如何设计以慢病毒为载体的micoRNA反义寡核苷酸序列？公司给我设计的是什么 (0.375)
如何查询microRNA靶基因序列？ (0.375)
如何预测植物miRNA的靶基因？ (0.375)
批量提取miRNA序列-perl (0.375)

批量提取miRNA序列-perl

mao44 — Mon, 14 Mar 2011 02:07:26 +0000

手头有几百个miRNA_name，想要得到相应的miRNA_seq
从miRBase下载了miRNA.dat，由于其是EMBL格式，于是利用BioPerl转换为了FASTA格式。
再利用perl按名字取提取序列。
可是，perl脚本中关于格式匹配，总出错，还麻烦各位看看。

$ head -n 6 miRNA.fa
>cel-let-7 Caenorhabditis elegans let-7 stem-loop
UACACUGUGGAUCCGGUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUGGAAUAUUACCACCGGUGAAC
UAUGCAAUUUUCUACCUUACCGGAGACAGAACUCUUCGA
>cel-lin-4 Caenorhabditis elegans lin-4 stem-loop
AUGCUUCCGGCCUGUUCCCUGAGACCUCAAGUGUGAGUGUACUAUUGAUGCUUCACACCU
GGGCUCUCCGGGUACCAGGACGGUUUGAGCAGAU

open A,"$ARGV[0]";
$/="\>";
while(){
  if(/^(.*)\n(.*)/){
    $name=$1;
    $seq=$2;
  }
}

perl匹配时肯定有所错误，导致出来的$seq，总不是miRNA_name对应的全部seq

有点相关的问题

如何设计以慢病毒为载体的micoRNA反义寡核苷酸序列？公司给我设计的是什么 (0.828)
如何查询microRNA靶基因序列？ (0.828)
如何预测植物miRNA的靶基因？ (0.828)
miRNA进化 (0.828)
使用perl批量处理文件? (0.172)
perl匹配gbk文件问题 (0.172)
如何利用用perl编程取得100000个不相同的随机数？ (0.172)
请问，这应怎么办？thank u in advance. (0.172)
求助：如何将gff格式序列的部分注释信息加到相应的fasta格式序列中。 (0.172)
求助：flag variables 怎么用？ (0.172)
对FASTA格式的简单处理与统计的Perl程序 (RANDOM - 0.172)

如何预测植物miRNA的靶基因？

wutomg — Tue, 22 Feb 2011 15:56:20 +0000

最近需要做miRNA的靶基因预测，做的是一种基因组未知物种。想请教如何对靶基因进行预测？

有点相关的问题

如何设计以慢病毒为载体的micoRNA反义寡核苷酸序列？公司给我设计的是什么 (1.000)
如何查询microRNA靶基因序列？ (1.000)
批量提取miRNA序列-perl (1.000)
miRNA进化 (1.000)

如何查询microRNA靶基因序列？

renjingyuan — Mon, 17 Jan 2011 08:00:14 +0000

求助：各位老师，
如何查询microRNA靶基因序列？最近我在研究microRNA靶基因序列课题，如何能查到该microRNA靶基因的序列呢

有人研究这方面的问题么，可以探讨一下QQ11059131

有点相关的问题

如何设计以慢病毒为载体的micoRNA反义寡核苷酸序列？公司给我设计的是什么 (1.000)
如何预测植物miRNA的靶基因？ (1.000)
批量提取miRNA序列-perl (1.000)
miRNA进化 (1.000)

如何设计以慢病毒为载体的micoRNA反义寡核苷酸序列？公司给我设计的是什么

renjingyuan — Sat, 26 Jun 2010 06:12:30 +0000

各位老师
如何设计以慢病毒为载体的micoRNA反义寡核苷酸序列？公司给我设计的是什么
意思？
我不明白设计反义寡核苷酸序列是否同设计正义序列一样需要PCR扩增前体(pre)
步骤??是扩增前体后设计的反义序列么、。？希望大家有空帮我分析下，万分感
激？谢谢了

以下是公司为我设计的目的基因片段

目的基因片段的获得：
引物合成
1.hsa-mir-xx-AgeI-F:
CCGGTTCAACATCAGTCTGATAAGCTATTTTTTG
引物说明：该引物为退火正向引物
2.hsa-mir-xx-EcoRI-R:
AATTCAAAAAATAGCTTATCAGACTGATGTTGAA
引物说明：该引物为退火反向引物，同时用于鉴定转化子
3.pGCsil-F:
CCATGATTCCTTCATATTTGC
引物说明：该引物位于载体上，用于鉴定转化子和测序
这都是什么意思？是反义序列么？还是正义，？
（注xx:代表微小rna的一种）
{构建后说明}黄色与红色荧光标记的是退火引物序列，红色标记为构建的hsa-mir-XX的Micro Down反
向序列22个bp，构建的时候在hsa-mir-21的Micro Down的后面加了6个T终止子，
前后为Age I和EcoR I酶切位点。
ACCGGTTCAACATCAGTCTGATAAGCTATTTTTTGAATTC

我不明白设计反义寡核苷酸序列是否同设计正义序列一样需要PCR扩增前体(pre)
步骤??是扩增前体后设计的反义序列么、。？希望大家有空帮我分析下，万分感
激？谢谢了