5
answers
75views
新手求助！求大侠帮忙~~
怎么用perl程序，随机生成一条序列，使ACGT四种碱基的含量分别为0.3，0.3，0.2，0.2！ 非常感谢~~~
2
answers
120views
求助：如何用Perl将Genebank转化为特定要求的fasta文件（求源代码）
要处理的Genebank文件格式见下（Genebank是一个文件包含多个序列，名字为sequence.gb，以下只列出几个，实际有批量文件要处理），我需要生成的fasta文件的特定格式主要是名字的格式为：登录号_国家_年份。当然还有全序列。谢谢各位大虾！！！ LOCUS AF027217 1768 bp DNA circular VRL 19-MAR-2009 DEFINITION [...]...
5
answers
116views
如何使fasta格式的序列标题精简？
>Unigene12046_All 156 1214 minus strand KANADI-like transcription factor FEATHERED [...]
2
answers
413views
一个处理序列的Perl脚本
源数据： 说明：1 >开头的为注释行，包含序列ID等信息 2 注释行下面两行是含有SNP的两个序列，末尾的数字是测序深度 3 *指示SNP的位置 目的：筛选测序深度均大于15，SNP为1的成组序列。输出格式为序列ID+序列信息。 Perl脚本： [...]
12
answers
238views
请求有人能为我解答一个perl小程序
用perl编写程序分离注释行内容，分离蛋白质序列，并转变成氨基酸三字母表示方式。说明使用的perl数据结构和程序的变量转换过程，解释含义。感谢老师指导 >1A23:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHCYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAM ALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQ LNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEKK >1AAR:B|PDBID|CHA...
32
answers
882views
对FASTA格式的简单处理与统计的Perl程序
缘起 模仿lh3开发的网页版工具SeqTools 功能 1.格式化FASTA文件。 2.反向互补FASTA序列。 3.获取FASTA序列的长度。 4.计算GC含量并对ATGC计数。 5.搜索模式（子序列、motif等）。 改进 1.添加了GC含量的计算和ATGC的计数。 [...]
1
answers
73views
有关perl中的split函数的问题
看源代码是碰到个问题想问下大家 下面这个perl code打开DG文件，并做相应的split处理： print "dGn"; safelyOpen *DG, '<', "$prefix.dG"; scalar [...]
29
answers
271views
请教Perl程序用于 去除含有多于3个连续相同碱基的序列
大家好，我有个问题请教下大家： 我现在有一个容量为10万的随机DNA序列库（fasta格式的），我要预筛选下这个库：去除含有多于3个连续相同碱基的序列。请问谁有相应的Perl程序，或者perl函数库中可有这样的程序？先谢谢大家了。
7
answers
85views
请问这样的程序结构怎么样
我要做个DNA序列处理工具。我打算用java swing做界面，用perl做业务层。由于我对软件开发没有经验，想请问大家这样的设计，从程序实现上，合理吗，大家有更好的意见吗？
24
answers
183views
请教一个perl问题
有两个文件： 文件A t0001 123 abc t0002 234 bcd t0003 345 [...]
4
answers
268views
perl 输出的txt文件每行前面会有一个空格，如何解决啊
初学perl，将原有的文件作了个别字符的替换之后重新输出到新的txt文档，结果输出的结果只有第一行是顶格的，其余的行都在句首空了一格。 该问题只在输出到文件时存在，若将结果直接显示在屏幕上，则无空格。 求高手帮忙 #! /usr/bin/perl; while(defined($pairing_filename=<*.fas>)) { unless ( open(DNAFILE, [...]...
8
answers
372views
批量提取miRNA序列-perl
手头有几百个miRNA_name，想要得到相应的miRNA_seq 从miRBase下载了miRNA.dat，由于其是EMBL格式，于是利用BioPerl转换为了FASTA格式。 再利用perl按名字取提取序列。 可是，perl脚本中关于格式匹配，总出错，还麻烦各位看看。 $ head -n 6 miRNA.fa >cel-let-7 [...]...
8
answers
119views
新手请教一个“复杂”的perl问题
第一个图是文件夹中的文件的内容 1.txt，第二个图是文件夹中的文件，第三个图是 1.txt，第四个是2.txt~ 1.txt中的HID栏对应的是文件夹中的文件的名字，第三个图中的“|"两边的数字分别是前两个文件中的Tax ID 和 Gene ID； 我要做的是，找出文件夹中每一个文件中的 Tax ID [...]...
11
answers
377views
perl 按列合并文件
我有十几个文件，每个文件比较大，大概有十几兆吧，我需要把它们按列合并，linux下的paste命令，我用了一下，会有错误，不知道用perl怎么实现？
14
answers
171views
求助：如何从众多数据中提取数据的坐标信息
各位大虾，现在我有一个好几G的关于23条染色体上每个碱基位点测序深度的数据，但是有些位点的测序深度太离谱，明显超出了正常的范围，有些地方甚至过万。所以，想通过perl编程提取这些不正常的位点的位置（所在染色体以及在该染色体的位置），不知道有没有哪位可以给小弟指引一下啊？ 数据的格式如下： >chrX 0 0 0 0 0 0 0 [...]...
