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perl画图程序求解释
! /usr/bin/perl -w use strict; use File::Basename; unless (@ARGV > [...]
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如何利用perl和blast从多个序列中寻找到一条大概21至24bp左右的公共序列?
现手上有多个测序结果(fasta格式),平均每个2k bps。我想要在这么多个序列找到一条它们共有的序列,大概21到24bp左右。我需要用perl编写一个程序,然后重复调用本地blast(已经配置好了本地blast)。
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如何从一个DNA序列中提取特定的序列?
手头现有1个DNA文件(fasta格式),序列比较长,可能有100kb,现想从中提取特定位置的序列,比如500-2000bp之间的序列,请问如何用perl程序操作?本人的电脑是windows系统,所以恳求大虾们给予指点。谢谢!
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关于fasta文件的合并
手头有若个个DNA的fasta文件,想把它们合并为一个fasta文件,请问如何用perl程序实现操作呢?谢谢各位大虾们。
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求助:flag variables 怎么用?
《beginning perl for bioinformatics》第十章10-1.pl中有这么一小段代码: # Extract all the sequence lines [...]
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求助:如何将gff格式序列的部分注释信息加到相应的fasta格式序列中。
我这里有两个文件,一个是fasta格式文件,一个是gff格式文件。要做批量处理,gff格式里的序列有注释,我想把gff文件里序列的部分注释信息(如基因功能)加到fasta文件相应的序列中,请问用perl语言怎么编程啊?谢谢了。
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请问,这应怎么办?thank u in advance.
$ perl inparanoid.pl ./human319.fas ./worm114.fas 31921 sequences in file human319.fas [...]
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如何利用用perl编程取得100000个不相同的随机数?
rt 纠结很久了.....
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perl匹配gbk文件问题
请教个问题,我用perl匹配gbk文件,文件是多个gbk文件的集合,首先想吧annonation和dna分别匹配上,并且输出,更改了$/的值为每个GBK记录结尾的//,所以,一个record就是一个GBK文件,可是匹配完了发现,只能匹配上第一个记录,后面的都为空,实在搞不清怎么回事!源代码如下,求助!!! my $filename = '3testseq.gb'; unless (open(GBFILE, $filename)) { print [...]...
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使用perl批量处理文件?
终于可以发帖了!。。。。 我想用perl批量处理一批序列文件,就是每个序列单独一个文件,大概一百多个文件,想写个程序,把所有文件批量打开,做处理,然后再关上,改原文件或者生成个新文件都可以。 但现在不知道怎么能一次打开很多文件,文件句柄可以是变量么?...