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如何做SNP在染色体的分布图
比如已经找出相关的SNP位点,然后想把这些SNP在染色体的位置画出来,有没有人知道怎么做? 谢谢!
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一个处理序列的Perl脚本
源数据: 说明:1 >开头的为注释行,包含序列ID等信息 2 注释行下面两行是含有SNP的两个序列,末尾的数字是测序深度 3 *指示SNP的位置 目的:筛选测序深度均大于15,SNP为1的成组序列。输出格式为序列ID+序列信息。 Perl脚本: [...]
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SNPs数据的使用问题
由于本人不是生物出身,有些问题可能比较基础,望指教 SNPs好像只被用于人类,其他生物的SNPs数据没有重大意义,这个说法对吗?为什么? 有没有其他生物的SNPs方面的研究呢? GWAS的结果是找出一些SNPs (或其他变异), 它们作为一个指标,有较大可能性推导出疾病的发生, 但是GWAS之后是什么呢? 如何验证这些结果? 是在cell line上做实验吗? [...]...
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[专题]NGS(第二代测序)文献汇总
序: 下面是我认为比较重要的一部分文献,但个人所知有限,希望能够群策群力,继续补充完善,帮助别人、也帮助自己。 { }是分类,行首的[ ]表示软件名。 分类不是很清晰,有待完善。 {GENERAL} Zhang, J, [...]
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推荐:单核苷酸基因多态性(SNP)的研究
不定期的推荐资源。推荐牛人的博客。正所谓术业有专攻啊。欢迎大家有好的资源也一起推荐。 ============ 原标题:单核苷酸基因多态性(SNP)研究中的选点方法 原文链接:http://www.ifanqie.org/archives/324.html 博客作者:番茄芝 博客url:http://www.ifanqie.org/ ============ 单核苷酸基因多态性(SNP) 最近也开始接触这方面的东西,一切都在慢慢的学习,从选点开始,到酶切,tagman分型,到SPASS,SAS统计都是一个个的过程,为了学习+复习,分享一下学习到的选点的方法,进宫参考,高手勿笑。 1. [...]...
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请问如何统计SNP类型
我利用本地blast,将大量文库序列(实验室测序)与数据库比对,得到了比对结果,其中有大量SNP,请问如何统计不同类型SNP(转换、巅换等)数量。有没有相关软件?谢谢!