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primer3批量设计SSR引物,p3_out.pl数据整合

用primer3批量设计引物后,得到的文件与MISA得到的文件用p3_out.pl整合,结果一直显示 Primer modelling was successful for sequences. Primer modelling failed [...]

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MISA开发SSR引物最后整合数据的问题。

大家好!最近遇到一个奇怪的问题,在使用Primer3批量设计完引物以后,需要将.p3out文件和.misa文件整合。然后怎么弄都整合错误,总是提示"Primer modeling failed for XXXX sequences".最后出来的result文件只是简单的将.p3out的表头和.misa文件合并到一起,没有达到整合的目的。研究了几天,没找到原因。在使用Primer3的设计引物的时候曾遇到问题,可能是Primer3版本升级了,参考一些资料后将SEQUENCE=改为SEQUENCE_TEMPLATE=后正常使用。是否是因为PRIMER3版本的原因,里面的语句发生了变化?请各位大大赐教,不胜感激! &nb...

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微卫星引物设计

在做一种植物的微卫星引物开发,现在已经对单克隆测序拿到了序列,利用SSR Hunter 也已经找到了SSR序列,现在想用primer primer5.0设计引物。 我是这方面的初学者,不太了解这个软件,想知道在设计引物的时候如何知道SSR片段两端的保守序列呢? 以下是我通过SSR Hunter 获得的其中一个SSR序列,有没有行家给讲解一下 TC  重复次数: [...]...

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MISA 开发SSR请教。

我装的是activeperl,misa.pl和misa.ini放在在perl安装目录里(c:\perl),然后运行时总出现“specifications file doesn't exist”,fasata文件放在c:\perl\bin目录里 ,是不是那个ini配置文件放错了路径,还是我下的activeperl没有装载完整?

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MISA得到大量SSR,使用p3_in.pl时总提示错误。

大家好!我是MISA的新手,有一个转录组测序的库,想通过MISA开发一些SSR引物。已经通过MISA得到大量SSR,但是通过p3_in.pl转换的时候老是提示错误,如: $ perl p3_in.pl a.fa.misa Quantifier follows nothing in regex; [...]

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EST序列的处理,SSR相关

求助:我做的是EST-SSR引物的筛选,实验做完了,回来整理才发现有一个步骤我居然一点印象都没有了。下面描述的第二点: 1. 我用est_trimmer.pl对EST序列进行了初步处理 2. 我忘记我做什么了,应该是做了一个聚类拼接的步骤,具体的程序代码我忘记了 3. 经过前面两步生成了如下文件,我截取部分: isotig00001 gene=isogroup00001 length=724 [...]...

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关于批量设计SSR引物的问题

柳城,你好 按你的方法设计了引物,可是primer3运行之后没有out 文件输出,所以无法进行下一步,这是什么原因啊?请指点

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关于SSR引物设计的问题-请求援助

我想利用一些感兴趣的序列设计SSR引物,可难题是不会使用perl,所以柳城的那个方法更是看不懂了,那些软件的网站俺去看了,也都是程序语言,具体怎么用啊?望高手指点。 谢谢

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微卫星多态性分析

请教: 我的问题:我是想利用SSR的多态性来做株系鉴定,或者说是做进化分析 1.SSR跑电泳后理论上到底应该几条带?我设计的引物跑出来的条带几条的都有,乱七八糟,我都晕了 2.听他们说做PAGE和银染国外的很多期刊都不认可,那么现今有什么更好的办法可以做SSR的多态性分析?大家一般都采用什么软件?根据我的做株系鉴定的目的,我该着重分析哪些参数? 工作了以后什么都是新的,以前没接触过,拜托了!!...

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批量设计SSR引物

p3_in.pl 不认识misa的输出结果,求助各位! [fish@fish software]$ p3_in.pl ~/Desktop/trial-20100823/EST.misa Use of uninitialized value [...]

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如何批量设计SSR引物

您好!看了您的用misa和primer3结合使用批量设计SSR引物的帖子,从ncbi下了一个物种的EST序列进行SSR搜寻,misa分析完了以后,具体如何用primer3对misa的结果进行SSR引物的批量设计不会了,盼您能指点迷津!谢谢。

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SSR到底该有几条带?

最近一直在做SSR方面的实验,一直在纠结一个问题——SSR到底应该有几条带?通过多方查证,我大致这样理解。 SSR出现多态性主要是因为基序(Motif)的重复次数不一样,而不同个体之间会存在突变,从而导致多态性的发生。但是,应该强调的一点是,SSR跑出来的带应该只是会表示一个等位基因位点。具体原因如下: SSR侧翼序列都是保守性很强的单一序列,所以才能设计单一的特异引物扩增条带,故一般不会扩增出其它等位位点的条带。所谓的多态性,只是一个等位位点的突变。 所以在PCR时,最好摸索清楚最佳的工作条件,得到尽量清楚的条带。比如水稻的基因组很小,SSR扩增出来很可能就是一条带,为了不给以后的读带工作带来更多麻烦,还是需要在前面的工作中多花些...

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