大家好！最近遇到一个奇怪的问题，在使用Primer3批量设计完引物以后，需要将.p3out文件和.misa文件整合。然后怎么弄都整合错误，总是提示"Primer modeling failed for XXXX sequences".最后出来的result文件只是简单的将.p3out的表头和.misa文件合并到一起，没有达到整合的目的。研究了几天，没找到原因。在使用Primer3的设计引物的时候曾遇到问题，可能是Primer3版本升级了，参考一些资料后将SEQUENCE=改为SEQUENCE_TEMPLATE=后正常使用。是否是因为PRIMER3版本的原因，里面的语句发生了变化？请各位大大赐教，不胜感激！ &nb...

在做一种植物的微卫星引物开发，现在已经对单克隆测序拿到了序列，利用SSR Hunter 也已经找到了SSR序列，现在想用primer primer5.0设计引物。 我是这方面的初学者，不太了解这个软件，想知道在设计引物的时候如何知道SSR片段两端的保守序列呢？ 以下是我通过SSR Hunter 获得的其中一个SSR序列，有没有行家给讲解一下 TC  重复次数： [...]...

我装的是activeperl，misa.pl和misa.ini放在在perl安装目录里（c:\perl），然后运行时总出现“specifications file doesn't exist”，fasata文件放在c:\perl\bin目录里 ，是不是那个ini配置文件放错了路径，还是我下的activeperl没有装载完整？

大家好！我是MISA的新手，有一个转录组测序的库，想通过MISA开发一些SSR引物。已经通过MISA得到大量SSR，但是通过p3_in.pl转换的时候老是提示错误，如： $ perl p3_in.pl a.fa.misa Quantifier follows nothing in regex; [...]

求助：我做的是EST－SSR引物的筛选，实验做完了，回来整理才发现有一个步骤我居然一点印象都没有了。下面描述的第二点： 1. 我用est_trimmer.pl对EST序列进行了初步处理 2. 我忘记我做什么了，应该是做了一个聚类拼接的步骤，具体的程序代码我忘记了 3. 经过前面两步生成了如下文件，我截取部分： isotig00001 gene=isogroup00001 length=724 [...]...

柳城，你好 按你的方法设计了引物，可是primer3运行之后没有out 文件输出，所以无法进行下一步，这是什么原因啊？请指点

我想利用一些感兴趣的序列设计SSR引物，可难题是不会使用perl，所以柳城的那个方法更是看不懂了，那些软件的网站俺去看了，也都是程序语言，具体怎么用啊？望高手指点。 谢谢

请教: 我的问题:我是想利用SSR的多态性来做株系鉴定,或者说是做进化分析 1.SSR跑电泳后理论上到底应该几条带?我设计的引物跑出来的条带几条的都有,乱七八糟,我都晕了 2.听他们说做PAGE和银染国外的很多期刊都不认可,那么现今有什么更好的办法可以做SSR的多态性分析?大家一般都采用什么软件?根据我的做株系鉴定的目的,我该着重分析哪些参数? 工作了以后什么都是新的,以前没接触过,拜托了!!...

p3_in.pl 不认识misa的输出结果，求助各位！ [fish@fish software]$ p3_in.pl ~/Desktop/trial-20100823/EST.misa Use of uninitialized value [...]

您好！看了您的用misa和primer3结合使用批量设计SSR引物的帖子，从ncbi下了一个物种的EST序列进行SSR搜寻，misa分析完了以后，具体如何用primer3对misa的结果进行SSR引物的批量设计不会了，盼您能指点迷津！谢谢。

最近一直在做SSR方面的实验，一直在纠结一个问题——SSR到底应该有几条带？通过多方查证，我大致这样理解。 SSR出现多态性主要是因为基序（Motif）的重复次数不一样，而不同个体之间会存在突变，从而导致多态性的发生。但是，应该强调的一点是，SSR跑出来的带应该只是会表示一个等位基因位点。具体原因如下： SSR侧翼序列都是保守性很强的单一序列，所以才能设计单一的特异引物扩增条带，故一般不会扩增出其它等位位点的条带。所谓的多态性，只是一个等位位点的突变。 所以在PCR时，最好摸索清楚最佳的工作条件，得到尽量清楚的条带。比如水稻的基因组很小，SSR扩增出来很可能就是一条带，为了不给以后的读带工作带来更多麻烦，还是需要在前面的工作中多花些...