p3_in.pl 不认识misa的输出结果，求助各位！ [fish@fish software]$ p3_in.pl ~/Desktop/trial-20100823/EST.misa Use of uninitialized value [...]

您好！看了您的用misa和primer3结合使用批量设计SSR引物的帖子，从ncbi下了一个物种的EST序列进行SSR搜寻，misa分析完了以后，具体如何用primer3对misa的结果进行SSR引物的批量设计不会了，盼您能指点迷津！谢谢。

最近一直在做SSR方面的实验，一直在纠结一个问题——SSR到底应该有几条带？通过多方查证，我大致这样理解。 SSR出现多态性主要是因为基序（Motif）的重复次数不一样，而不同个体之间会存在突变，从而导致多态性的发生。但是，应该强调的一点是，SSR跑出来的带应该只是会表示一个等位基因位点。具体原因如下： SSR侧翼序列都是保守性很强的单一序列，所以才能设计单一的特异引物扩增条带，故一般不会扩增出其它等位位点的条带。所谓的多态性，只是一个等位位点的突变。 所以在PCR时，最好摸索清楚最佳的工作条件，得到尽量清楚的条带。比如水稻的基因组很小，SSR扩增出来很可能就是一条带，为了不给以后的读带工作带来更多麻烦，还是需要在前面的工作中多花些...