云生物 » SSR

primer3批量设计SSR引物，p3_out.pl数据整合

无间 — Tue, 17 Apr 2012 12:47:15 +0000

用primer3批量设计引物后，得到的文件与MISA得到的文件用p3_out.pl整合，结果一直显示

Primer modelling was successful for sequences.

Primer modelling failed for XXXXX sequences.

是怎么回事儿啊？

有点相关的问题

MISA开发SSR引物最后整合数据的问题。 (1.000)
primer3批量设计引物时总是提示input must be provided on standard input为什么？ (0.667)
primer3 引物批量开发，无输出结果 (0.667)
用bioperl运行run_primer3.pl时出错，纠结啊....... (0.667)
用primer3模块批量设计引物 (0.667)
SSR到底该有几条带？ (0.333)
如何批量设计SSR引物 (0.333)
批量设计SSR引物 (0.333)
微卫星多态性分析 (0.333)
关于SSR引物设计的问题-请求援助 (0.333)
MISA 开发SSR请教。 (RANDOM - 0.333)

MISA开发SSR引物最后整合数据的问题。

zephyr0911 — Wed, 31 Aug 2011 01:30:40 +0000

大家好！最近遇到一个奇怪的问题，在使用Primer3批量设计完引物以后，需要将.p3out文件和.misa文件整合。然后怎么弄都整合错误，总是提示"Primer modeling failed for XXXX sequences".最后出来的result文件只是简单的将.p3out的表头和.misa文件合并到一起，没有达到整合的目的。研究了几天，没找到原因。在使用Primer3的设计引物的时候曾遇到问题，可能是Primer3版本升级了，参考一些资料后将SEQUENCE=改为SEQUENCE_TEMPLATE=后正常使用。是否是因为PRIMER3版本的原因，里面的语句发生了变化？请各位大大赐教，不胜感激！

Dennis

有点相关的问题

MISA得到大量SSR，使用p3_in.pl时总提示错误。 (0.630)
MISA 开发SSR请教。 (0.630)
primer3批量设计SSR引物，p3_out.pl数据整合 (0.556)
请教关于EST-SSR标记开发时所使用软件的一些问题 (0.444)
关于MISA无法运行的问题 (0.444)
primer3批量设计引物时总是提示input must be provided on standard input为什么？ (0.370)
primer3 引物批量开发，无输出结果 (0.370)
用bioperl运行run_primer3.pl时出错，纠结啊....... (0.370)
用primer3模块批量设计引物 (0.370)
SSR到底该有几条带？ (0.185)
微卫星引物设计 (RANDOM - 0.185)

微卫星引物设计

小张 — Tue, 17 May 2011 10:05:21 +0000

在做一种植物的微卫星引物开发，现在已经对单克隆测序拿到了序列，利用SSR Hunter 也已经找到了SSR序列，现在想用primer primer5.0设计引物。
我是这方面的初学者，不太了解这个软件，想知道在设计引物的时候如何知道SSR片段两端的保守序列呢？
以下是我通过SSR Hunter 获得的其中一个SSR序列，有没有行家给讲解一下

TC 重复次数： 10 起始位置： 17701

17551tcatagaaatgggcggttggatcctccccttcaaatctccttctctctgcgtccaagactaatccaaaaaatca

ggaatctagggtttgcttctcgctaatggccgacttcaactccttcgccccactgcagtaaagccagtgcggctgaTCT

CTCTCTCTCTCTCTCTCgatctctcgagctggaagcaatggcggccgacgtatcggtgagttctgaggcgg

tcaagccgtgctgtgcgaaggtatgaatttctgggctttgtttgaattcttgtttcgagtttgttcaattggtgttcgatctcgaggt

tgggctga 17870

有点相关的问题

MISA 开发SSR请教。

wois321 — Sun, 20 Feb 2011 14:25:30 +0000

我装的是activeperl，misa.pl和misa.ini放在在perl安装目录里（c:\perl），然后运行时总出现“specifications file doesn't exist”，fasata文件放在c:\perl\bin目录里
，是不是那个ini配置文件放错了路径，还是我下的activeperl没有装载完整？

有点相关的问题

MISA得到大量SSR，使用p3_in.pl时总提示错误。 (1.000)
MISA开发SSR引物最后整合数据的问题。 (1.000)
请教关于EST-SSR标记开发时所使用软件的一些问题 (0.706)
关于MISA无法运行的问题 (0.706)
SSR到底该有几条带？ (0.294)
如何批量设计SSR引物 (0.294)
批量设计SSR引物 (0.294)
微卫星多态性分析 (0.294)
关于SSR引物设计的问题-请求援助 (0.294)
关于批量设计SSR引物的问题 (0.294)
primer3批量设计SSR引物，p3_out.pl数据整合 (RANDOM - 0.294)

MISA得到大量SSR，使用p3_in.pl时总提示错误。

zephyr0911 — Mon, 27 Dec 2010 03:42:05 +0000

大家好！我是MISA的新手，有一个转录组测序的库，想通过MISA开发一些SSR引物。已经通过MISA得到大量SSR，但是通过p3_in.pl转换的时候老是提示错误，如：
$ perl p3_in.pl a.fa.misa
Quantifier follows nothing in regex; marked by <-- HERE in m/Unigene182_All NO(+ <-- HERE nr)\t(\d+)\t\S+\t\S+\t(\d+)\t(\d+)/ at p3_in.pl line 24, chunk 179.

不知道是什么原因？想请教大家！谢谢！

Dennis

有点相关的问题

MISA 开发SSR请教。 (1.000)
MISA开发SSR引物最后整合数据的问题。 (1.000)
请教关于EST-SSR标记开发时所使用软件的一些问题 (0.706)
关于MISA无法运行的问题 (0.706)
SSR到底该有几条带？ (0.294)
如何批量设计SSR引物 (0.294)
批量设计SSR引物 (0.294)
微卫星多态性分析 (0.294)
关于SSR引物设计的问题-请求援助 (0.294)
关于批量设计SSR引物的问题 (0.294)
primer3批量设计SSR引物，p3_out.pl数据整合 (RANDOM - 0.294)